یکی از علائم بیماری های مختلف، افزایش یا کاهش مقدار متابولیت های سلولی است .بکمک آپتامر ها می توان مقدار متابولیت های سلولی را به دقت آندازه گیری کرد.برای مثال در یکی از روش های تشخیص بیماری فنیل کتونوری ،از آپتامر بر علیه ال- فنیل آلانین استفاده می شود.در بیماری فنیل کتونوری مقدار ال-فنیل آلانین در خون افزایش میابد.که با اندازه گیری مقدار فنیل آلانین خون ، می توان این بیماری را تشخیص داد.در این روش مقدار مشخصی از آپتامر های نشاندار بامواد فلوئورسانت،با مقدار مشخصی از سرم خون بیمار مخلوط می شوند.در این هنگام مولکول های ال-فنیل آلانین موجوددر سرم خون ،به آپتامر ها متصل شده و باعث تغییر شدت تابش فلوئورسانت آنها می شوند.هرچه مقدار فنیل آلانین خون بیشتر باشد،تعداد فنیل آلانین هایی که به آپتامر متصل می شود،بیشتر بوده و در نتیجه تغییر شدت تابش فلوئورسانت محلول نیز بیشتر خواهد بود.این تغییرات را می توان با یک اسپکتروفتومتر ساده ،اندازه گیری کرد.با تهیه یک منحنی استانداردکه تغییرات شدت تابش فلوئورسانت را بر حسب تغییر مقدار فنیل آلانین نشان میدهد،می توان به راحتی غلظت ال-فنیل آلانین را در خون بیمار مشخص کرد.