برای هر لیگاند مورد نظر براحتی می توان آپتامر ساخت.برای این منظور از روشی بنام SELEX[1] استفاده می شود.در این روش ابتدا بوسیله سنتز مصنوعی توالی های بسیار مختلفی از RNA در اندازه های مختلف بصورت تصادفی ساخته می شود.در این مرحله بیش از یک میلیون نوع RNA ساخته می شود.هر یک از این مولکول های RNA دارایساختار فضایی خاصی استکه در بین آنها یک یا چند مولکول RNA می توانند بعنوان آپتامر به لیگاند مورد نظر متصل شوند.برای خالص سازی این آپتامر ها از روش کروماتوگرافی میل ترکیبی[2] استفاده می شود.در این روش ابتدا لیگاند ها به دانه های سفادکس در ستون کروماتوگرافی متصل شده و سپس محلول حاوی انواع مولکول های RNA سنتز شده از ستون عبور داده می شوند.آپتامر ها به لیگاند متصل شده و در ستون باقی میمانند وبقیه مولکول های RNA در اثر شستشو از ستون خارج می شوند.سپس مولکول های آپتامر از ستون جداسازی می شوند. در این روش ممکن است چندین نوع آپتامر برای یک لیگاند بدست آید که هریک به قسمتی از لیگاند متصل می شود.پس از انتخاب بهترین آپتامر،مولکول فوق تعیین توالی می شودو از روی آن توالی به روش سنتز مصنوعی،تعداد زیادی آپتامر ساخته می شود.

همچنین می توان از روی این آپتامر ها cDNA ساخت و آن را به همراه یک پروموتر قوی در باکتری ها کلون کرد.به این ترتیب باکتری مقدار زیادی آپتامر تولید خواهد کرد.به این آپتامر ها،آپتامر های منوکلونال گفته می شود.