هر یک از مولکول های RNA دارای توالی خاصی هستند.توالی اسید های نوکلئیک باعث می شود که آنها دارای ساختار سه بعدی خاص خود شوند. این ساختار، در اثر پیوند های هیدروژنی واتسون-کریک و پیوند های هیدروژنی هوگستین[1] ایجاد می شود. برخی از این مولکول هایRNA در ساختار فضایی خود دارای جایگاهی هستند که می توانند از طریق این جایگاه به دیگر مولکول ها متصل شوند. اتصال این جایگاه ها به مولکول های مختلف بعلت شکل فضایی خاص آنها، وبرقراری پیوند های واندروالس و هیدروژنی با آن مولکول ها است. این اتصال بسیار اختصاصی ودارای میل ترکیبی[2] زیادی است.به این مولکول های RNA ،آپتامر[3] وبه جایگاه اتصال آنها آپتاتوپ[4] گفته می شود.این عمل آپتامر ها همانند عمل آنتی بادی ها است.اما آپتامر ها نسبت به آنتی بادی ها بسیار اختصاصی تر عمل می کنند وبا قدرت بیشتری به لیگاند متصل می شود. آپتامر ها دارای سرعت اتصال بالا[5] و سرعت تفکیک[6] پایین هستند. آپتامر ها ،لیگاند های بسیار متنوعی از جمله یون ها،متابولیت های سلولی، ویتامین ها ،ویروس ها ودارو های مختلف مانند آسپیرین و....را شناسایی می کنند. آپتامر ها حتی می توانند انانتیومر ها فضایی مولکول های مختلف مانند کافئین و تئوفیلین را تشخیص دهند.