دیگه نمیتونست مدیریت مناسبی برای حجمهای بالا ارایه کنه. از محدودیتی که FAT 16 داشت این بود که نمیشد پارتیشنهایی بزرگتر از 2 گیگابایت داشت. به همین خاطر از ویندوز 98 به بعد، یک سیستم دیگه اومد به نام FAT 32. 2- FAT 32، که نسخه تکمیل شده FAT16 است، با ویندوز 98 به بازار اومد و خیلی از اشکالات FAT16 رو از بین برد. FAT 32 میتونه پارتیشنهایی به بزرگی 2 ترابایت ( 2000 گیگابایت) داشته باشه ولی هنوز محدودیت حجم فایل وجود داره. یعنی حداکثر اندازه یک فایل میتونه 4 گیگابایت باشه. این فایل سیستم رو هنوز تمامی سیستم عاملهای ماکروسافت (البته از ویندوز 98 به بالا) میشناسن. 3- NTFS یا New Technology File System که با ویندوز NT به بازار اومد و میتونست اشکالات FAT یا FAT32 را برای هاردهای بزرگ پوشش بده و به عنوان یک فایل سیستم برای هاردهای ظرفیت بالا و هاردهای سرورها شد. از خصوصیات این فایل سیستم میشه به عدم محدودیت اندازه فایل و پارتیشن و جلوگیری از نوشتن اطلاعات بر روی نقاط معیوب هارددیسک (Bad Sector)، قابلیت رمزگذاری بر روی اطلاعات و محدود کردن دسترسی بر اساس کاربر اشاره کرد. پارتیشنهایی که از این فایل سیستم استفاده میکنن رو فقط میشه توی ویندوزهای NT، 2000، XP و NET. استفاده کرد. یعنی در ویندوز 98 یا ME نمیتونید اطلاعات داخل اونها رو بخونید یا بنویسید. (البته برنامه های کمکی برای این کار وجود داره) 4- Linux Ex2/ Ex3 دو فایل سیستم معروف لینوکس هستند که به صورت پیش فرض در نسخه‌های مختلف لینوکس استفاده میشه.