• در مرحله دوم هر رشته، که حدود اردیبهشت ماه هر سال برگزار می شود، از پذیرفته شدگان مرحله اول، حدود 40 نفر پذیرفته می شوند. این افراد موفق به کسب مدال شده اند و برای تعیین آنکه رنگ مدال هر فرد چه باشد، در دوره تابستانه المپیاد موردنظر ( مرحله سوم) به رایگان ثبت نام می کنند.

مزایای قبولی در مرحله دوم :

• کسب حداقل یک مدال برنز و حداکثر یک مدال طلای المپیاد ایران.
• عضویت در بنیاد ملی نخبگان.
• دعوت های متوالی از شما، برای حضور در اردوها، همایش ها و نشست های مختلف با حضور مسئولین کشوری
• دریافت حقوق ماهیانه از بنیاد ملی نخبگان تا زمانی که مشغول به تحصیل هستید.
• دریافت وام مسکن بنیاد ملی نخبگان به ارزش پانصد میلیون ریال.
• درصد کمکی کنکور برای حضور در رشته المپیادی تان در دانشگاه.
• امکان دریافت بورسیه های تحصیلی از دانشگاه های معتبر دنیا، بدون نیاز به خرج هزینه.
• امکان تدریس در رشته المپیادی تان در موسسات، مدارس و کلاس های خصوصی.