در مرحله سوم، از 40 نفر پذیرفته شده مرحله قبل، طی یک دوره آموزش حدوداً دو ماهه و سپس سنجش طی معمولاً دو یا چند آزمون، به تعدادی از افراد (بین 8 تا 18 نفر) مدال طلا، و به مابقی، به ترتیب مجموع نمره به دست آمده، مدال های نقره و برنز اهدا می شود. مراسم اهدا، در ضیافتی بزرگ و با حضور وزیر آموزش و پرورش و با حضور خانواده های دانش آموزان انجام می شود.

مزایای کسب مدال طلا :

1.        عضویت در تیم ملی المپیاد ایران و آزمودن بخت برای شرکت در مسابقات جهانی.

2.        عضویت در بنیاد ملی نخبگان.

3.        معافیت نخبگان از خدمت سربازی برای آقایان.

4.        دریافت یک جایزه سفر حج عمره برای آقایان.

5.        دعوت های متوالی از شما، برای حضور در اردوها، همایش ها و نشست های مختلف با حضور مسئولین کشوری

6.        دریافت حقوق ماهیانه از بنیاد ملی نخبگان تا زمانی که مشغول به تحصیل هستید.

7.        دریافت وام مسکن بنیاد ملی نخبگان به ارزش هشتصد میلیون ریال.

8.       ورود به دانشگاه بدون کنکور، در هر رشته دلخواه و در هر شهر دلخواه.

9.        امکان دریافت بورسیه های تحصیلی از دانشگاه های معتبر دنیا، بدون نیاز به خرج هزینه.

10.     امکان تدریس در رشته المپیادی تان در موسسات، مدارس و کلاس های خصوصی.